1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行…

李连杰在片中扮演的陈真成了留日学生，而且喜欢上日本女孩渡边光孝。因为师父霍元甲之死，陈真回到中国，协助师父之子霍廷恩主持精武门的业务，不料却引起了他的妒忌，师兄弟之间引发权力之争。另一方面，陈真追查师父死因，盯上了日本好…

1999年，长峰博士在赤道附近发现了加欧斯的变异种，同时候在日本西南方的海中发现了卡美拉的墓场。时间回到1995年的东京，因为加欧斯来袭，比良坂绫奈一家人准备离开东京，此时卡美拉受到加欧斯的攻击而落下，在卡美拉起身时破坏了绫奈的…