《最终试验鲸鱼》的主人公久远寺睦是巡回马戏团的一员，某日他们来到了天空中有鲸鱼游弋的城市，而他在鲸鱼之丘上遇见了神秘的鲸鱼少女的故事，随着美少女们一个个登场主角久远寺睦也开始忙碌起来。但这个城市背后到底有着什么故事呢？

花梨（川上友子 配音）本来只是一个平凡的女高中生，某日，她意外的在盛夏时节看到了红透了的枫叶，之后，便莫名其妙的被召唤至异世界之中。在这里，她成为了唯一能够拯救日渐遭到怨灵侵蚀的京都的龙神神子。　　此时的京都分为“帝”和…