在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中…

因为工作的缘故，光月未梦（名冢佳织 配音）的父亲和母亲要远赴美国，两人将未梦托付给了西园寺家，在那里，未梦结识了西园寺家的儿子西园寺彷徨（三瓶由布子 配音）。之后，彷徨的父亲又因故外出，留下未梦和彷徨看家，就这样，两人开始…

本片描述几个少年，在数码科幻世界里的冒险和奋战的过程。故事是以七个小孩漂流到数码世界为开端，太一等突然被放逐到一个同时存在山、川、冰、河、热带雨林的谜一样的岛屿，在此与一直在等待太一一群人的七只幼年期的数码宝贝相遇。他们…